El doctor Alberto Osorio Osorio señala en su obra Chiriquí en su historia , que la palabra “boquerón” designaba para los conquistadores de las tierras occidentales de Chiriquí una de las agrupaciones aborígenes más terribles de las existentes en las inmediaciones de Santiago de Alanje, el poblado más antiguo de la región (1591).
Durante muchos años, los boquerones opondrían feroz resistencia a la avanzada europea. A tal grado era su bravía que los grupos autóctonos vecinos, como los chalivas y los changuinas, también se enfrentaban constantemente con ellos. El carácter aguerrido de los boquerones es lo que impide su reducción, de ahí que el primer asentamiento se deba a la acción de misioneros franciscanos durante los primeros años del siglo XVIII.
Las primeras referencias escritas de este pueblo se plasman en los escritos de 1736, dejados por el obispo de Panamá, Pedro Morcillo y Auñón, quien menciona al “pueblo y doctrina de Boquerón que es de indios, habitado por cincuenta habitantes”.
Al parecer, este caserío es un asentamiento diferente, pues durante la administración eclesiástica de Miguel Moreno y Ollo (1763-1770) y del gobernador Matías González Candanedo, se verificó su traslado al emplazamiento actual.
Basado en las Investigaciones de la Profesora Milagros Sánchez de Culturama.
